Fodboldens tidlige årtier i foreningen var uløseligt forbundet med Idrætspladsen i Hessum. Banerne her lagde grunden til klubbens første faste senior- og ungdomshold, og pladsen fungerede som det store, lokale samlingspunkt om sommeren.
Fodbolden kom tidligt ind som klubbens primære udendørsaktivitet og blev spillet flittigt på Hessum Idrætsplads. Gennem historien har afdelingen budt på skiftende ungdoms- og seniorhold.
-1944/1945 dannedes et fodbold – Gerskov Kammeraterne. De trænede på en græsmark på Gerskov Bygade 20. Der blev selv lavet mål.
I starten spillede de i gummisko først senere i fodboldstøvler. De spillede også i gult og blåt kamptøj, som håndbold.
-Efter et stykke tid flyttede de også ned på idrætspladsen i Hessum hvor de stod for at slå græsset.
-I slutningen af 1950’erne smuldrede fodbolden og stoppede helt i foreningen.
-1964 startede fodbold op som en underafdeling i Skeby
-I 1978 vandt Skeby fodboldpiger Otterup Kommunes Mesterskab
-I 1992 fik vi et U20 hold der slog det ene Odense hold efter det andet og vandt deres pulje. B1913 var modstander i puljen og efter en meget spændende kamp havde Skeby skrevet historie som Fyns bedste U20 hold .
-Ny 11-mands fodboldbane er klar foråret 1996
-Den årlige sportsfest var et kæmpe tilløbsstykke, med firmafodbold og stor gartnerturnering med gartnere fra hele Fyn.
-Fodbolden har i årenes løb haft både storhedstider og lidt lavvande i medlemmer – men den har hele tiden været aktiv med mange frivillige kræfter og ideer.
-For nuværende har vi et dame- og et herrehold, der dyrker fodboldfitness, 5 børnehold og vores Stjernehold – det er vi meget stolte af.
-Leder af fodbold er Hans Henrik Bruun
Da klubbens udendørsfaciliteter blev flyttet til banerne ved Skovløkkeskolen i Østrup, sikrede man en tættere tilknytning til lokalområdets unge. Skolen har historisk fungeret som en vigtig samarbejdspartner for at sikre fødekæden til ungdomsholdene.
Skeby GF har historisk skilt sig ud fra mange andre fynske landsbyklubber ved at bevare en stærk og aktiv ungdomsafdeling, selvom geografilivet i mindre samfund ofte gør det svært. Klubbens erklærede filosofi har historisk været: "Vi er en klub med plads til alle". Afdelingen fokuserer entydigt på det sociale fællesskab, trivsel og at skabe en kultur, hvor der er plads til alle.